O medicamento é personalizado, preparado exclusivamente para as necessidades de cada pessoa.
Geralmente é mais barato e tem a mesma qualidade dos melhores laboratórios industriais.
A quantidade manipulada é adequada ao tratamento, por isso é mais econômico, ou seja, consumidor paga somente pelo que vai utilizar.
Algumas doenças precisam ser tratadas com vários medicamentos ao mesmo tempo. Quando isto ocorre o médico pode prescrever uma fórmula com a associação das substâncias.
Farmácias de Manipulação podem preparar medicamentos sem conservantes, corantes, aromatizantes e perfumes, o que pode ser útil para pacientes alérgicos.
Medicamentos para crianças e idosos podem ser preparados em cápsulas de tamanho especial ou em outras formas farmacêuticas para facilitar a sua administração.
Farmácias de Manipulação preparam medicamentos que deixaram de ser produzidos pela indústria farmacêutica, por razões econômicas.